أولئك الذين يعارضون الأغذية المعدلة وراثيا تشمل مجموعة واسعة من جماعات المصالح، من غرين بيس إلى جمعيات المزارعين إلى الكنائس المسيحية، وهلم جرا. وتتركز معارضتهم في ثلاثة مجالات:
أولاً، إن التعديل الوراثي ضد الطبيعة وبالتالي ضار. وقد رد المؤيدون على أن محاصيل اليوم لم تعد أصنافا بدائية، وإلا فإن الخضروات التي يأكلها الناس ينبغي أن تكون هي نفس العشب الذي تأكله الحيوانات.
ثانياً، بعد إدخال الجينات التي تعمل على مقاومة مبيدات الأعشاب أو وظائف قتل الآفات السامة في النباتات، هل الغذاء الذي توفره آمن للبشر؟ ورداً على هذه النقطة، أكد المؤيدون أنه حتى الآن، لم تجد أي مؤسسات بحثية مؤهلة أدلة على أن الأطعمة المعدلة وراثياً تضر بصحة الإنسان، ولكن تأثيرها على المدى الطويل لا يمكن إلا أن يُستنتج، ومن الصعب الحصول على أدلة شاملة لإقناع الناس.
ثالثاً، هل من الممكن أن يؤثر تشجيع النباتات المعدلة وراثياً على الزراعة والبيئة الإيكولوجية على عجل أيضاً؟ وقد يشجع ترويج المحاصيل المعدلة وراثياً والمقاومة لمبيدات الأعشاب المزارعين على الإفراط في استخدام مبيدات الأعشاب، مما يتسبب في إلحاق الضرر ببعض المحاصيل غير الرئيسية أو حتى انقراضها. ويستخدم العديد من المزارعين في البلدان النامية محاصيل غير رئيسية مثل الأغذية التكميلية أو كعلف. اكتشفت إدارة مصايد الأسماك والحياة البرية الأميركية أن 74 نوعا من النباتات تتأثر بمبيدات الأعشاب وتتعرض للخطر.