الجينات ذات الوظائف الخاصة "تطفو" على سلالات النباتات البرية المماثلة ، مما يجعلها مقاومة لمبيدات الأعشاب ويصعب السيطرة عليها ؛ أو تسبب الآفات لإنتاج الأجسام المضادة ضد المبيدات الحشرية. بالإضافة إلى ذلك ، قد تنقرض بعض المخلوقات الصغيرة بعد تناول النباتات المعدلة وراثيا مع وظائف مبيدات الحشرات. وأشار المؤيدون إلى أن الإنتاج الزراعي في حد ذاته نشاط يضر بالبيئة، وأن المحاصيل المعدلة وراثياً لن تسبب ضرراً للبيئة أكثر من الزراعة التقليدية. النباتات لديها القدرة على مقاومة الحشرات، والمزارعين يمكن الحد من رش المبيدات الحشرية، وهو أمر مفيد للبيئة والحماية البيولوجية.
وليس من السهل التوصل إلى استنتاجات في وقت قصير من هذه المنازعات. وينبغي القول بأن الجدل حول المحاصيل المعدلة وراثياً هو ظاهرة عادية. أولاً وقبل كل شيء، الأصناف المطورة حديثاً نفسها ليست مثالية، وآثارها المتوسطة إلى الطويلة الأجل على جسم الإنسان والبيئة لا تزال لا تزال موجودة. الناس يعبرون عن مخاوفهم لأسباب مشروعة. ثانياً، سيكون هناك دائماً بعض الأشخاص المحافظين الذين لم يعتادوا على منتجات التكنولوجيا الجديدة ويرفضون قبولها. ثم هناك تأثير تضارب المصالح التجارية. تستخدم الحكومات ومجموعات المصالح في بعض البلدان عدم كفاية الأغذية المعدلة وراثياً لخوض الحروب التجارية، مما يجعل الأمور أكثر تعقيداً.