على الرغم من أن ثنائية الأبعاد جل electrophoresis (2-DE) هو وسيلة شائعة الاستخدام لتحليل البروتيوم كله، فقد قيود مثل قدرة الفصل محدودة، وتأثير تمييزي، وإجراءات التشغيل المعقدة. وكثيرا ما يكون من الصعب الحصول على نتائج مرضية لتحليل النطاق الديناميكي الكبير، وانخفاض الوفرة والبروتينات المضاءة. استخدم Chong وآخرون قياس الطيفي HPLC/mass لمقارنة وتحليل التعبير التفاضلي للبروتينات قبل الخبيثة والسرطان. تم فصل البروتين بواسطة HPLC ، وتم تحديد الكسور التي تم جمعها من قبل MALDI-TOF-MS ، بحيث تم تحليل البروتين كميا في التعبير التفاضلي لنوعي الخلايا. كنوع جديد من تكنولوجيا الفصل، لا يكون الكروماتوغرافيا السائلة متعددة الأبعاد الحد من الكتلة الجزيئية النسبية ونقطة الأيزوكهربية. من خلال الجمع بين وسائط مختلفة، فإنه يلغي تأثير تمييزي من ثنائية الأبعاد هلام الكهربائي. لديها خصائص قدرة الذروة العالية والأتمتة سهلة. ثنائي الأبعاد تبادل الألوان المرحلة العكسية (2D-IEC-RPLC) هو نظام فصل الكروماتوغرافيا السائلة المتعددة الأبعاد الأكثر شيوعا في أبحاث البروتيوميات.
