تركز البروتيوميكس على الوصف الديناميكي للتنظيم الجيني، وتحديد كمي لمستويات البروتين في التعبير الجيني، وتحديد آثار الأمراض والأدوية على عمليات الحياة، وشرح آلية تنظيم التعبير الجيني. كعلم، أبحاث البروتيوميكس ليست من الصفر في البداية، بل هو امتداد للبروتين (الببتيد) التكنولوجيا رسم الخرائط المنتج الجينات التي تم استخدامها لأكثر من 20 عاما. 2- يعتمد رسم خرائط الببتيد على ثنائية الأبعاد جل الكهربائية (2-DE) وتحليل الصورة الأخرى؛ وجين يعتمد ملف تعريف المنتج على مجموعة متنوعة من التحليل بعد الفصل، مثل قياس الطيف الكتلي، وتحليل تكوين الأحماض الأمينية، وما إلى ذلك.
بسبب وجود تحرير متغير وتحرير الحمض النووي الريبي ، يمكن للعديد من الجينات التعبير عن مجموعة متنوعة من البروتينات المختلفة. ولذلك، فإن تعقيد البروتيوم أعلى بكثير من تعقيد الجينوم.
إذا تم فك رموز تسلسل الجينوم بأكمله من الأنواع، وهذا لا يعني أن البروتيوم من هذا النوع قد تم أيضا فك. وينبغي أن يحدد التحليل المحدد للمنتج البروتيني للجين عن طريق تعديل وتنظيم مستوى الجينوم ومستوى النسخ ومستوى الترجمة بشكل شامل.