هناك جانبان رئيسيان، أحدهما هو البروتيوم الهيكلية، والآخر هو بروتيوميات وظيفية. وتنقسم حدود أبحاثها تقريبا إلى ثلاثة مجالات:
(1) إنشاء البروتيوم أو البرومي الفرعي ومجموعة الروابط البروتيوم الخاصة به للكائنات الحية أو خلايا الأنسجة ذات الصلة بقاعدة بيانات الجينوم أو النسخ، أي البروتيومات المكونة.
(2) إجراء البروتيوميات المحلية أو proteomics المقارنة من النظم الفسيولوجية والمرضية الهامة أو العمليات لعمليات الحياة الهامة أو الأمراض البشرية الرئيسية.
(3) لدراسة التفاعل بين البروتينات من خلال مجموعة متنوعة من التكنولوجيات المتقدمة ووضع خريطة لبروتينات نظام معين، أي البروتينات التفاعلية، والمعروفة أيضا باسم "اطلس الخلية" بروتيوميكس.
بالإضافة إلى ذلك، ومع تعميق أبحاث البروتيوميات، ظهرت بعض الاتجاهات البحثية الجديدة، مثل البروتيومات دون الخلوية والبروتيوميات الكمية. البروتيوميكس هو وسيلة بحثية هامة من بيولوجيا النظم.