المجهر الفلوري والمجهر العادي لديهم الاختلافات التالية
1. طريقة الإضاءة عادة ما تكون الإضاءة ، أي ، يتم إسقاط مصدر الضوء على العينة من خلال العدسة الموضوعية ؛
2. مصدر الضوء هو الأشعة فوق البنفسجية ، والطول الموجي أقصر ، والقرار أعلى من المجاهر العادية ؛
3. هناك اثنين من المرشحات الخاصة. يتم استخدام واحد أمام مصدر الضوء لتصفية الضوء المرئي، ويستخدم واحد بين العدسة العدسة والهدف لتصفية الأشعة فوق البنفسجية لحماية عيون الإنسان.