يشير نظام التنقية الذاتية إلى نظام يتمتع بدرجة معينة من التنقية الذاتية والقدرة على امتصاص الملوثات البيئية. إنه مجمع إيكولوجي زراعي يتم فيه تنقية الملوثات البيئية ذاتيًا على أساس عدم تجاوز القدرة البيئية من خلال التأثيرات الفيزيائية والكيميائية والبيولوجية للتربة الزراعية والنباتات والكائنات الحية الدقيقة.