اعتبارا من عام 2013، لا يوجد تصنيف واضح للأغذية المعدلة وراثيا، ويمكن إجراء تصنيفات مختلفة وفقا لمعايير مختلفة وفقا للممارسة.
وفقا لما إذا كان يحتوي على الأغذية المعدلة وراثيا المصدر المعدلة وراثيا كمعيار، فإنه يمكن تقسيمها إلى الأنواع الثلاثة المختلفة التالية:
(1) تشير الأغذية المعدلة وراثياً التي لا تحتوي على أغذية معدلة وراثياً إلى الأغذية المشتقة من الكائنات المحورة وراثياً، ولكن المنتجات نفسها لا تحتوي على أي جينات منقولة.
(2) تحتوي الأغذية المعدلة وراثياً على مكونات معدلة وراثياً، ولكن خصائصها قد تغيرت أثناء المعالجة، والجينات النشطة المنقولة لم تعد موجودة في الأغذية المعدلة وراثياً.
(3) الأطعمة المعدلة وراثيا لا تحتوي على مكونات وراثية نشطة. بعد أن يأكل الناس مثل هذه الكائنات المعدلة وراثيا أو الغذاء، والجينات المنقولة والجينات المتأصلة في الكائنات الحية سوف تؤثر على جسم الإنسان.