ثنائي الأبعاد تكنولوجيا جل الكهربائي وتكنولوجيا قياس الطيف الشامل حاليا الطرق الأكثر استخداما لدراسة البروتيوميات. ثنائي الأبعاد تكنولوجيا الكهربائي هلام يستخدم نقطة isoelectric البروتين والفرق الوزن الجزيئي لتمييز البروتينات المختلفة. على الرغم من أنه من الصعب التمييز بين البروتينات منخفضة الوفرة بواسطة الجل الكهربائي ثنائي الأبعاد ، إلا أنه يحتوي على متطلبات أعلى للتشغيل ، ولكن قدرته العالية على الإنتاج ، والدقة الجيدة والاستنساخ ، وخصائصه من يجري جنبا إلى جنب مع القياس الطيفي الشامل جعله أساليب البحث Proteomics الأكثر شعبية والموثوقية. ثنائي الأبعاد هلام الكهرباء التكنولوجيا والكتلة المتطيفة القائم على إجراءات البحث البروتوميات هي إعداد العينة→ التركيز النظائرية→ القطبياcrylamide هلام الكهربائي→تلطيل→الgging من بقع البروتين من الفائدة→in-هلام الهضم→الماس تحليل الطيفي لتحديد الببتيدات أو جزئية تسلسل الأحماض الأمينية→ تتطلب أبحاث البروتيوميكس فصل البروتين عالي الاستبانة وتقنيات دقيقة وحساسة لتحديد الطيف الكتلي. إن تلوين البروتينات في الجل الكهربائي لا يؤثر فقط على قرار فصل البروتين ، بل يؤثر أيضًا على تحديد القياس الطيفي الكتلي اللاحق. يمكن تقسيم تلطيخ البروتين إلى أربع فئات: تلطيخ الكاشف العضوي ، تلطيخ الفضة ، تلطيخ الفلورسنت وتلوين النظائر.
واقترح Unlu وآخرون طريقة تحليل البروتيومينية الكمية للبروتيومينية الفلورية (F-2D-DIGE) وهي طريقة تحليل تفاضلي للفلوروسين. تفاضلية جل الكهربائي (DIGE) هو تحسين فني من 2-DE. فهو يجمع بين طريقة تحليل الفلوريسنس المتعدد. فهو يفصل بين عينات متعددة تحمل اسم الفلورس على نفس الجل ويقدم المفهوم الداخلي الكامن. يتم خلط البروتينات في العينتين مع تسميات الفلورسنت المختلفة لأداء 2-DE للكشف عن التعبير عن البروتين في العينتين، مما يحسن إلى حد كبير من دقة وموثوقية وتكرار النتائج. في تكنولوجيا DIGE، كل بقعة البروتين لديه معيار داخلي خاص به، ويمكن للبرنامج معايرة تلقائيا تعبيره وفقا للمعيار الداخلي لكل بقعة البروتين لضمان أن التغيرات وفرة البروتين الكشف عن صحيح. وقد طبقت التكنولوجيا DIGE في عينات مختلفة.