وهم يعيشون عموما في مناطق بها نباتات مائية خصبة وأعشاب بالقرب من الأنهار والبحيرات والمستنقعات، ويعيش بعضها على ارتفاع 2400 متر.
أفراس النهر هي الثدييات شبه المائية التي تعيش عادة في البحيرات الضحلة والأنهار والمستنقعات. يجب أن يكون الماء عميقًا بما يكفي لحصان النهر لغمر كامل جسمه في الماء. عموما، فمن الأفضل لاستخدام المياه حول 2 متر عميق. خلال النهار، أفراس النهر يفضلون النوم في المياه الضحلة، أو النوم أحيانا على الطين الكثيفة. وفي هذه المياه يحدث التزاوج والولادة. عندما لا يكون هناك ماء ضحل، فرس النهر هو في المياه العميقة ويمكن أن تتنفس فقط عن طريق ترك الخياشيم فوق السطح. خرج فرس النهر من الماء عند الغسق، وذهب إلى الشاطئ لتناول الطعام، ثم سار على درب مألوف، عادة أقل من 1.6 كيلومتر، على طول بنك المياه إلى المراعي الكثيفة.